设施渔业工程研究室以设施渔业工程及其配套工程技术为重点，开展相关领域的应用工程技术研究以及投资项目策划、项目建议书、可行性研究、总体规划、建设规划、工程实施方案、工程初步设计和施工图设计、项目评审和管理及政府服务等工作。现有研究人员11人，其中高级以上职称3人。

设施渔业工程研究室主要从事各类渔业产业园区、渔港经济区、原良种场、苗种繁育基地、科研试验基地、自然保护区、海外远洋渔业基地工程研究，承接各类渔业工程设计，承担农业部渔业工程各类规范的编制任务及下达的项目评审任务，承担渔业涉外工程等设计任务。研究室承担并完成多项公益性行业科研项目部级科研项目、渔业行业标准研究与制定、行业支撑研究项目。

近五年累计完成发展规划、总体规划、建设规划等各类规划100余项，各类工程设计100余项。其中海南省三亚市崖州中心渔港生产配套区项目、全国水生动物疫病防控指挥中心项目、东营市现代渔业示范区项目等项目的实施提升了我国水产事业基础设施水平；援埃及苏伊士运河大学渔业与水产教学培训中心项目、援南非农业示范中心项目等多项涉外渔业工程项目，促进了国家相关援助计划的实施，提升了我国与受援国之间的友谊。