生态养殖工程研究室是以渔业生态工程技术、装备与配套养殖技术为重点，开展相关领域的应用工程技术研究以及项目建议书、可行性研究、工程实施方案、工程初步设计和施工图设计、项目投资评估、项目评审和管理及政府服务等工作。现有研究人员7人，其中高级以上职称3人。

多年来，生态养殖工程研究室在水产品加工、水产品贮藏与市场流通、工厂化养殖装备与工程技术、池塘养殖工程与技术研究开发、技术咨询和设计等方面开展了大量工作，承担完成多项公益性行业科研项目部级科研项目、渔业行业标准研究与制定。

累计承担各级政府和企业委托的工程咨询、工程设计及水产品加工技术集成服务项目100多项。其中包括完成援巴布亚新几内亚水产品加工厂和冷库项目、援瓦努阿图水产品加工厂项目、援纳米比亚哈达普水产养殖中心改造项目、援巴林王国石斑鱼循环水养殖示范基地等多项涉外渔业工程项目，促进了国家相关援助计划的实施，提升了我国与受援国之间的友谊。